杯户中央病院的护士雅江告诉了柯南她想起的本堂瑛祐曾在别的医院手术过的事。据说本堂患的白血病，并且在搬迁至大阪之前动了手术。那个之后，ＦＢＩ的詹姆斯报告说，已经查出了３位嫌疑犯，可能是潜伏在医院的组织成员。这３个人分别是，右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道、急性腰痛的西矢忠吾。詹姆斯他们想尽办法找出真正的黑衣组织成员…。

　　因为虎侍的出差部活只得暂停而空闲下来的周未，珠姬拿着从勇次那得到的游园地的节目参观票一同前往参观节目。听闻到新作剧场版制作发表消息非常开心的珠姬，不过，为了英雄纪念品同也在会场中的少女铃本凛争抢起来…

　　今天是ＡＲＩＡ公司的创立纪念日。灯里还有亚莉希亚，为亚利亚社长一行准备了前往在新威尼斯知名的布拉诺岛的一宿旅行。那里也是曾在ＡＲＩＡ公司的前辈安娜作为引退及出嫁的岛。那个夜晚，在大家沉浸在快乐的时光中，灯里听说了ＡＲＩＡ公司成立的故事。

　　数年前，还是学生的弗兰珈，发誓要为无罪却死在了狱中的父亲报仇。传说的炸弹专家弗兰克却拒绝将她收为弟子，在不死心的弗兰珈面前，原本没活着的目标的弗兰克不知何故自己也发生着改变。当在被蒙塔尔切诺，比尔夏和特利埃拉袭击隐藏地点时的弗兰克和比诺基奥，躲藏在了弗兰珈的一处葡萄酒农庄。然而为了梅希纳大桥爆炸作战准备，弗兰珈独自一人前往了罗马却中了圈套遭到了１课探员的抓捕，见弗兰珈迟迟不归的弗兰克和比诺基奥决定前往迎她。