柯南和元太、步美、光彦、阿笠博士、灰原一起前往新米花大酒店的海盗船 。途中，柯南把最近的案件告诉了灰原。到达后，遇见了乘警车而来的高木警官。据说是酒店里发生了命案。被杀害的是住在酒店第３９层的一家外国人艺人事物所的社长。柯南听说是秘书发现了上半身身中数枪的社长的…

　　…对于“魔暗器”椿来说有个大烦恼，就是那个搭档黑星，作为暗杀者极度想展示自己的能力，可是这样的个性让这对组合还从未打倒过一个敌人，并且还被魔女安吉拉所盯上。

　　明天将是一年一度的由女学生向男学生送巧克力的黑主学园的惯例节日“圣巧克力日”。女生们为送巧克力给骑士班上的男生们努力赶制着，而优姬同时也为平时照顾着自己的枢前辈努力的制作着巧克力。另一方面，那个时刻零找到了袭击理事长神秘症状的线索…

　　失去了自己影子的昶和白银立下了契约交换了影人进。昶打算帮助取回光与影的平衡的战斗，然而那时在学校中再次发生了袭击。为了治疗庇护了自己而负伤的银，昶带着前往了酒馆。此次昶体会到敌人是同以往碰到的完全不同的激烈战斗…