第１１部剧场版：太平洋上有个美丽的岛屿，名叫神海岛。传说在３００年前，两个女海盗在海洋中的古代遗迹「海底宫殿」裡，遗留了宝藏。因假期而来到神海岛的柯南一行人，途中碰见了一群寻找传说中宝藏的宝藏猎人。在探索海底宫殿期间，其中一个猎人，被其中一隻突如其来的鲨鱼当场咬死。柯南和灰原发觉这件事非比寻常，于是展开了一连串的调查。

　　死神之子ＤＥＡＴＨ ＴＨＥ ＫＩＤ。…在乎于完美，左右对称的少年，绝不容许不对称的东西存在，全部都要左右对称。同他搭挡的是有着“二丁魔拳铳”之称的汤普森姐妹利兹和帕蒂，此回一行前往了左右对称的古代遗迹亚努比斯，目的是消灭死灵师的魔女，然而在那持有着对基德来说是致命弱点的敌人…

　　作为风纪委员优姬和零将检查阳之舍和月之舍，可是零在月之舍的检查之前溜出了学校，优姬紧追在后然而却找不到零了，独自一人在街中行走的优姬唤起了１０年前的恐怖记忆，神秘的人出现在了那里…

　　在某店中昶和白银好友的贤吾的姐姐麻结相遇了，麻结能看见对普通人来说看不到的白银的身影，之后很快麻结便离开了。然而那个晚上在贤吾的家中再次见到了麻结。