嫌疑人是托比.凯因滋、哈尔.巴古那、ＦＢＩ调查官卡迈尔３人。随后，千叶警官从屋顶的工具箱中发现了雨衣、手套、手枪后，秘书伊利娜也变成嫌疑人之一。调查尸体的柯南把眼光注意到了尸体那做出好象在摘什么似的手势的右手上。在桌子上发现了做笔记的钢笔杆儿。这时，琴为了确认赤井秀一被消灭而对基尔下了达了命令…

　　魂和玛卡，黑星和椿的组合，某日被死神下达了“补习课程”的命令。教授课程内容的是从前死武专的老师，是以根据敌人而制定作战计划的希多老师。４人急匆匆地赶往了希多那里，据说希多此前是拥有“职人”最高等级的“三星”的非凡人物，玛卡等能顺利完成课程吗？

　　见到优姬的状态的枢，将她从零那里带走了。对被带走而离去的优姬，零什么都没说。知道零隐藏的秘密的优姬，后悔至今没能理解零而落泪。那个时候，优姬在校长室听见了枢和校长的对话…

　　在知道了昶将去击败克库奇，投身取回世界光与影的平衡的战斗中去的贤吾说也想参加那场战斗。可是昶却拒绝了。某日，昶和贤吾参观了绫的课余活动，在那里从剑道部毕业的月影严苛的进行着指导，就在那时，又传来了新的犯罪活动的报道。