因为卡卡西的返回，再度开始了对鸣人新术的开发。鸣人的性质变化的修行进入下一个阶段，此次修行的目标是利用风的查克拉将瀑布切断。另一方面，受到塞兹捕获二尾了的飞段和角度，为求九尾而朝火之国而去…

　　某日的万事屋，银时们如同平常一样渡过着冗长的时间。可是，偶然间发现了新八的手指被改造成了十字锥，似乎是天人的杰作，面对突如其来的事情新八完全火了。并且神乐和银时也被改造了。全员打算无论如何都将犯人的天人抓获，不过线索在一款很有人气的网络游戏中，为了能恢复原来的身体，三人立刻玩起了游戏…

　　终于，神奇宝贝暑期学校迎来了最终日。最后的课程是暑期学校最大的活动：神奇宝贝铁人三项。众人需要将一周之内所学尽数应用其中，与神奇宝贝协力度过三道难关，比赛谁先抵达终点。首先，学员在起点处选择一颗由学校提供的神奇宝贝球，与其中所放的神奇宝贝一起通过森林。接着，选择另外一颗神奇宝贝球，与其中所置的水系神奇宝贝一同渡湖。最后，则是与搭档神奇宝贝们一同通过岩山冲向终点。截止到目前为止，小智他们所在的红队成绩排在第二位。他们究竟能否在神奇宝贝铁人三项中超过蓝队，获得逆转优胜呢？

　　迎接到达小史马隆城的有利一行人的是将军·盖拉鲁特和在其指示之下为了保卫而全城出动的军队。孔拉德等人感觉到了些许不安的气氛，而村田和浚太的心中却浮现出了其他的疑问。抱着种种的想法，一行人决定邀请萨拉雷基一同去庭院散步。这时候，却被告知盗贼入侵城内。在城内避难的有利等人，遭到了突然袭击。此时萨拉雷基作出的行为是…

　   武装集团的女首领，逼着让作为人质弗奥娜和维尼迪克特说出关于“伊库斯特维的秘宝”。那样中，特雷兹和莉莉亚利用地下隧道接近着那里。二人借着建筑物的遮蔽，打算用无线电救援然而却发现了异变…

　　在和帕迪拉的不断战斗中，有人失去了她的爱人，有人的恨意被扩大了。在三岛的阴谋行动中背负起人们的悲伤和憎恨，拒绝成为唱歌道具的兰花下了一个重大的决心。

　   剧情未更新。

　　梨斗的班，正商量着在文化祭上表演什么节目。唯提出办书法展示会和地域的研究发表会，不过，大家的反应不是很强烈，班级最终的决意是办动物饮茶活动…

　　剧情未更新。